In Pfaffstätten gibt es nur wenige natürliche Gewässer. Sowohl der Badener Mühlbach als auch der Wiener Neustädter Kanal sind künstlich angelegt. Das macht sie als Lebensraum aber nicht weniger wertvoll. Im Mühlbach kommen besondere Wasserpflanzen wie Haarblatt-Hahnenfuß und Krauses Laichkraut vor und bilden große Polster im klaren Wasser. Die Koppe, ein Bodenfisch sauberer, kühler Bäche und die Würfelnatter sind bemerkenswerte tierische Bewohner des Mühlbaches. Der Wiener Neustädter Kanal ist ornithologisch interessant. Neben Zwergtaucher und Teichhuhn, kann man hier zum Beispiel den Eisvogel fliegen und jagen sehen.